NCIS является основным подразделением правоохранительных органов и контрразведки Главного управления ВМС Соединенных Штатов,включая Корпус морской пехоты Соединенных Штатов. Действие сериала происходит чаще всего в штаб-квартире Navy Yard в Вашингтоне. Боссом элитной команды — группы реагирования на чрезвычайные ситуации («MCRT-Major Case Response Team») и одновременно главный героем сериала является куратор старший специальный агент Лерой Джетро Гиббс. Его правая рука старший специальный агент Энтони ДиНоззо (сезон 1-13), бывший детектив убойного отдела в Балтиморе; специальный агент Тимоти МакГи, впоследствии старший (сезон 2-), компьютерный специалист; специальный агент Кейтлин Тодд (сезон 1-2), бывшая агентесса Секретной службы, специальный агент Зива Давид (сезон 3-11), бывшая агентесса Моссада; Элеонор Бишоп (сезон 11-), бывший аналитик АНБ; Николас Торрес (сезон 14-), бывший секретный агент под прикрытием; Александра Kвинн(сезон 14), бывшая полевая агентесса, экс-инструктор Федерального центра подготовки сотрудников правоохранительных органов (FLETC) и Жаклин Слоан (сезон 15-), старший специальный агент, судебный психолог. Они используют свои собственные, иногда неортодоксальные методы расследования. Их цель-расследовать все преступления, связанные с ВМС. Команде помогают научный и судебно-медицинский эксперт Эбби Шуто (сезон 1-15), главный судмедэксперт, патологоанатом Доктор Дональд «Даки» Мэллард (сезон 1-) и его помощник Джимм Палмер (сезон 1-) и агент МИ6 Клейтон Ривз(сезон 14-15). Как агенты, так и сотрудники работают под бдительным оком директора морской полиции Дженни Шепард (сезон 3-5), которую позже на месте директора заменил бывший замдиректора Леон Вэнс (сезон 6-).
