Трой Бейкер состоит в музыкальном коллективе, созданном Акирой Ямаокой и известным благодаря своей работе над музыкальным сопровождением серии игр Silent Hill. В этом коллективе Трой играет на Бас-гитаре и исполняет бэк-вокал. До начала актёрской карьеры был солистом и Ритм-гитаристом в инди-рок-группе под названием Tripp Fontaine.
Трой начал карьеру актёра озвучивания в 2004 году, записывая голосовое сопровождение к рекламным роликам. В то же время он занялся озвучиванием персонажей аниме-проектов, среди которых такие знаменитые произведения, как «Блич», «Стальной алхимик», «Наруто», «Ван-Пис», «Син-тян», «Пожиратель душ» и многие другие. В 1996 году Трой также озвучил одного из героев японской ролевой игры Shin Megami Tensei: Persona, после чего семь лет не проявлял никакой актёрской деятельности. В последнее время Бейкер работает над мультсериалами вселенной Marvel, среди его последних работ — «Мстители. Величайшие герои Земли», «Мстители, общий сбор!» и «Совершенный Человек-паук», где актёр озвучивает Соколиного глаза и Локи.
Самые известные роли Трой получил в 2013 году, озвучив Букера Девитта в BioShock Infinite и Джоэла в The Last of Us. Обе игры получили хорошие оценки критиков и заработали рейтинг более 90 % на популярных агрегаторах рецензий GameRankings и Metacritic, а также имели огромный коммерческий успех. За обе эти роли Бейкер был номинирован на премию от Spike Video Game Awards и, в конечном итоге, получил награду за роль в The Last of Us. Это была первая награда для Троя в данной номинации.
Американский еженедельный журнал Entertainment Weekly внёс Троя в список Best of 2013 (Лучшего в 2013 году) за его прорыв в области озвучивания компьютерных игр.
Бейкер является одним из немногих актёров, которые в течение своей карьеры изображали Бэтмена (LEGO Batman 2: DC Super Heroes), Джокера (Batman: Arkham Origins) и Супермена (Infinite Crisis).
В числе последних работ Троя — Эррон Блэк, Шиннок и Фуджин в Mortal Kombat X, Сэм Дрейк (Uncharted 4: A Thief’s End) и Гул’дан (World of Warcraft: Legion).
В 2016 году озвучил Бэтмена в Batman: The Telltale Series, где работал вместе с Лорой Бэйли, которая озвучила Женщину-Кошку.