Марион Котийяр родилась 30 сентября 1975 года в Париже. Её мать — театральная актриса, отец, Жан-Клод — театральный актёр, режиссёр, основатель театральной труппы «Котийяр» и преподаватель в школе актёрского мастерства. У Марион есть два младших брата-близнеца, Квентин и Гийом. Первый — скульптор и художник, второй — писатель.
Детство Марион прошло в городе Орлеан, департамент Луаре, где она обучалась в Консерватории драматического искусства и посещала курсы пения. Однако профессия родителей сыграла свою роль — уже в шестилетнем возрасте она стала появляться на сцене — либо подавала реплики матери-актрисе, либо блистала в специально поставленных для неё отцом-режиссёром детских пьесах.
