Родился 28 октября 1974 года в Пуэрто-Рико.
Мать, Арлин Шэрон Феникс (Arlyn Phoenix, урождённая Дунец, род. 1944), происходила из семьи осевших в Бронксе еврейских иммигрантов из Венгрии и России; его отец из испано-ирландской семьи, Джон Ли Баттом (John Lee Bottom), был уроженцем Калифорнии. Его родители были членами секты «Дети Бога» и занимались миссионерской деятельностью, путешествуя по Южной Америке.
В 1978 году родители вышли из секты и перебрались во Флориду, сменив фамилию на Феникс. Мать Хоакина устроилась на работу в NBC в отдел кастинга. Их дети начали сниматься в рекламе и телесериалах.
В семье Джона Ли и Арлин Феникс было пятеро детей. Это сыновья Ривер (1970—1993) и Хоакин, дочери Либерти, Рейн и Саммер.
Первую телевизионную роль Феникс сыграл в 1982 году в драмеди «Семь невест для семи братьев» вместе со старшим братом Ривером Фениксом, который умер от передозировки наркотиков в 23 года. После смерти Ривера Хоакин сказал: «У меня нет ни малейшего желания говорить о покойном брате. Мне не нравится, когда меня сравнивают с ним. Он был невероятным человеком и великим актёром. Когда-то мы договорились с ним о том, что будем стареть вместе, но теперь я один, и кажется, больше всего на свете мне нужно поговорить с ним снова».
Затем Хоакин Феникс снимался в эпизодических ролях в телевизионных сериалах «Она написала убийство» (1984) и «Падающий человек» (1984).
В 1995 году он появляется в фильме «За что стоит умереть». Партнёрами Феникса по фильму были Николь Кидман, Мэтт Диллон, Кейси Аффлек. В конце октября 2008 года Хоакин объявил о своём уходе из кинематографа, чтобы «целиком посвятить себя музыкальному поприщу». Впоследствии выяснилось, что заявление являлось частью псевдодокументального фильма «Я всё ещё здесь», снятого Кейси Аффлеком, который к тому же является мужем его сестры Саммер.
Осенью 2019 года в прокат вышел психологический триллер «Джокер», который стал одним из лучших фильмов 2019 года. «Знаете, я бы никогда не подумал, что это роль моей мечты. Но теперь, если честно, я не могу перестать о ней думать», — заявил Феникс.
В 2020 году актёр получил премию «Оскар» как лучший актёр за главную роль в фильме «Джокер» Тодда Филлипса.
