Хоакин Феникс родился 28 октября 1974 года в Пуэрто-Рико. Мать, Арлин Шэрон Феникс (Arlyn Phoenix, урождённая Дунец, род. 1944), происходила из семьи осевших в Бронксе еврейских иммигрантов из Венгрии и России; его отец из испано-ирландской семьи, Джон Ли Баттом (John Lee Bottom), был уроженцем Калифорнии. Его родители были членами секты «Дети Бога» и занимались миссионерской деятельностью, путешествуя по Южной Америке.
В 1978 году родители вышли из секты и перебрались во Флориду, сменив фамилию на Феникс. Мать Хоакина устроилась на работу в NBC в отдел кастинга. Их дети начали сниматься в рекламе и телесериалах.
В семье Джона Ли и Арлин Феникс 5 детей: 2 сына — Ривер (1970—1993), Хоакин и 3 дочери — Либерти, Рейн и Саммер.
Первую телевизионную роль Феникс сыграл в 1982 году, в драмеди «Семь невест для семи братьев» вместе со старшим братом Ривером Фениксом.
Затем Хоакин Феникс снимался в эпизодических ролях в телевизионных сериалах «Она написала убийство» (1984) и «Падающий человек» (1984).
В 1995 году он появляется в фильме «За что стоит умереть». Партнёрами Феникса по фильму были Николь Кидман, Мэтт Диллон, Кейси Аффлек. В конце октября 2008 года Хоакин объявил о своём уходе из кинематографа, чтобы «целиком посвятить себя музыкальному поприщу». Впоследствии выяснилось, что заявление являлось частью псевдодокументального фильма «Я всё ещё здесь», снятого Кейси Аффлеком, который к тому же является мужем его сестры Саммер. Хоакин Феникс — веган. В 2003 году принял участие в создании документального фильма о жестокости к животным «Земляне», в котором помимо него приняло участие множество других веганов. Хоакин Феникс говорит о фильме так: «Из всех фильмов, над которыми я работал, об этом говорят больше всего», «Каждый, кто видел „Землян“, рассказывает о нём ещё троим». За участие в этом фильме Хоакин Феникс был награждён премией Humanitarian Award на кинофестивале в Сан-Диего.
Хоакин Феникс является членом организаций «В защиту животных» и «Люди за этичное обращение с животными».
Хоакин Феникс говорит, что из музыки предпочитает «Битлз», Майлза Дэвиса и Фрэнка Синатру.
