Барри Зонненфельд родился и вырос в Нью-Йорке в еврейской семье. Родители — Келли (преподаватель рисования) и Сонни Зонненфельд (дизайнер). После получения степени бакалавра в колледже Хемпшира (Амхерст) окончил киношколу Нью-Йоркского университета в 1978 году.
За режиссёрскую работу на ABC над сериалом «Мёртвые до востребования» (англ. Pushing Daisies) получил премию «Эмми».
В 1999 году Зонненфельд попал в авиакатастрофу: его бизнес-джет при посадке в аэропорту Ван-Найс свернул с взлётно-посадочной полосы и врезался в пять припаркованных самолётов. Сам Барри при этом не пострадал.