Родился в семье Константина Самуиловича Котта (1937—2001) и Беллы Шепшелевны Рахлиной (1937—1987). В 1996 году окончил режиссёрский факультет ГИТИС (мастерская Б. Г. Голубовского). С 1996 по 2000 год работал в тверском ТЮЗе и Новгородском театре драмы имени Достоевского, а также в театрах Калуги и Москвы. В 2002 году поступил на режиссёрский факультет ВКСР (мастерская В. И. Хотиненко, П. К. Финна), который окончил в 2004 году.
Карьеру в кино Владимир Котт начал в 1999 году, когда выполнял обязанности второго режиссёра на фильме «Ехали два шофёра», который снимал его брат Александр. Во время учёбы на режиссёрских курсах снимал короткометражные фильмы для каналов РТР (2002) и ТВЦ (2003). Дипломная работа, короткометражный фильм «Дверь», вышла в 2004 году и завоевала награды на нескольких фестивалях, включая российскую «Святую Анну», фестиваль студенческого кино Sehsüchte в Потсдаме (Германия) и Брюссельский фестиваль фантастических фильмов, а также фестивали во Франции, Италии и Сирии. Фильм был приобретён для показа в ряде стран Европы.
После окончания курсов Владимир Котт вернулся на телевидение, чтобы снимать сериалы. Начал он с восьмисерийного фильма «Родственный обмен», где снялись Кристина Орбакайте, Михаил Пореченков, Марат Башаров и Дмитрий Певцов. В 2008 году вышел его первый полнометражный кинофильм «Муха». Фильм был удостоен наград крупных фестивалей, в том числе Золотого кубка Шанхайского международного кинофестиваля и приза за лучший европейский дебютный фильм фестиваля детского кино в Злине (Чехия).
В 2011 году вышел новый кинофильм Владимира Котта «Громозека», снятый им по собственному сценарию. Фильм был включён в конкурсную программу Роттердамского международного кинофестиваля.
