Джон Уэйн Гейси-младший родился в день святого Патрика 17 марта 1942 года в Чикаго. Мать — Мэрион Элейн Робинсон (4 мая 1908 — 6 декабря 1989), отец — Джон Стэнли Гейси (20 июня 1900 — 25 декабря 1969). У Джона было две сестры: Джоан (1940 года рождения) и Кэрон (1944 года рождения). Семья была католиками, дети учились в католической школе. Отец Джона был машинистом и ветераном Первой мировой войны, а мать была домохозяйкой. Род Гейси имел датские и польские корни. Бабушка и дедушка Джона по отцовской линии писали свою фамилию, как «Гаца» или «Гака», они иммигрировали из польских земель в составе Германии.
Отец Джона был жесток, и часто применял физическое насилие по отношению к членам своей семьи, особенно часто доставалось маленькому Джону, к тому же Джон Стэнли Гейси был алкоголиком. Есть информация, что отец бил свою жену во время беременности Джоном. Его отец часто унижал Джона и словесно, называя «тупым», сравнивал его с сёстрами. Как вспоминал Джон, его избил отец, потому что он случайно сломал автомобильный двигатель, собранный отцом. В 6-летнем возрасте Джон украл из магазина игрушечный грузовик, за это отец снова избил его. Однажды за какую-то провинность отец даже убил любимую собаку мальчика. Мать пыталась защитить его от отца, но ей это особо не удавалось. На фоне ужасных отношений с отцом, у Джона начала формироваться сильная привязанность к матери, даже во взрослой жизни он приезжал к ней за советом, отцу это не нравилось, и часто он называл Джона «неженкой» и «маменькиным сынком», который «вероятно, станет гомосексуалистом». Несмотря на жестокое обращение со стороны отца, Джон любил и уважал его. Его отец хотел сделать из сына «настоящего мужчину»: водил на рыбалку, занимался «мужскими» видами спорта, но ему это не нравилось. Сам Джон был тружеником, в свободное время он подрабатывал в бакалейной лавке и разносил почту, но он не мог соответствовать завышенным стандартам своего отца.
До Гейси дважды домогались: когда ему было 3 года, до него домогалась умственно отсталая соседская девочка. Когда ему было 10 лет, до него домогался друг отца, который работал водителем грузовика.
У Джона было слабое здоровье: у него было слабое сердце, активные виды спорта были противопоказаны. В 1953 году Джон, играя на детской площадке, получил сильный удар качелями по голове, в его мозге образовался тромб, в течение 5 лет он страдал потерей сознания и эпилептическими припадками. У него была средняя успеваемость в школе, но это объяснялось тем, что он часто лежал в больницах. Из-за слабого здоровья он часто лежал в больницах, но отец не верил в его слабое здоровье, подозревая, что это всего лишь симуляции для завоевания внимания и сочувствия, однако его мать и друзья верили в обратное. В 1957 году у Джона случился аппендицит, и ему удалили аппендикс.
В возрасте 12 лет он вступил в движение скаутов, завёл друзей. Несколько раз показывал им женское бельё. Вообще, Гейси довольно часто воровал женское бельё, щупал и примерял его. Его отец, узнав об этом, бил его и заставлял носить бельё в школу. В подростковом возрасте осознал, что у него есть влечение только к мальчикам, но он начал встречаться с девочкой, однако после первого полового контакта с ней он упал в обморок. Особой популярностью в школе среди сверстников не пользовался, но его ценили учителя за его услужливость и исполнение любых поручений, самому Джону очень нравилось, когда его хвалили и ценили.