Джон Марк Галэки родился в Бре (Бельгия) в американской семье. Имеет польские, ирландские и итальянские корни. Его мать, Мэри Лу, — ипотечный консультант, а его отец, Ричард, бывший военнослужащий ВВС США, размещённых в Бельгии. У Джонни есть брат Николай и сестра Элисон. Джонни переехал в Оук-Парк, штат Иллинойс, вместе со своей семьёй, когда ему было три года.
В возрасте семи лет вышел на большую сцену очень известного театра Гудмана в городе Чикаго. А уже в возрасте одиннадцати лет был номинирован на престижную театральную премию. В двенадцать лет Джонни дебютировал в кино, сыграв роль в фильме «Одна ночь из жизни Джимми Рирдона». В 1989 году парень прошёл пробы на фильм «Рождественские каникулы». Следующая его работа была связана с телевидением, где он появился в сериале «Внезапная ярость».
В сериале «Розанна» Джонни сыграл свою самую известную подростковую роль, его Дэвид, одарённый и очень дружелюбный парень пришёлся по душе как критикам, так и зрителям, в итоге Галэки снимался в сериале до самого закрытия. В 1994 году Джонни получил престижную премию Young Artist Award.
В 1997 году Джонни досталась маленькая роль в хите «Я знаю, что вы сделали прошлым летом», которую он получил во многом благодаря знакомству с Дженнифер Лав Хьюитт. Затем последовали эпизодические роли в таких хитах как — «Мистер Бин», «Противоположность секса», «Чужой билет», «Ванильное небо». А в комедийном триллере «Букмекеры», Джонни досталась главная роль.
В 2006—2007 годах Галэки играл роль проститутки по имени Алекс в бродвейском спектакле «Маленькая собачка смеётся». Впервые за всю карьеру ему пришлось играть полностью обнажённым. «По сути, это пьеса о том, что все мы жертвуем для того, чтобы стать успешными, независимо от профессии или целей», — сказал актёр.
А в 2007 году Джонни начал сниматься в сериале, который сделал его настоящей звездой. В «Теории Большого взрыва» молодой актёр сыграл учёного Леонарда Хофстедтера. Первоначально ему предлагали роль Шелдона Купера, однако актёр сказал, что ему больше подходит роль Леонарда.
В 2008 году Галеки мелькнул в супергеройской комедии «Хэнкок», с Уиллом Смитом и Джейсоном Бейтманом. В июле 2011 года, он сыграл сам себя в трех эпизодах телесериала «Красавцы». В том же году он появился в фильме «Время» с Джастином Тимберлейком и Амандой Сейфрид.
Галэки владеет 360 акрами земли в Санта-Маргарите (штат Калифорния). Его имущество включает в себя виноградники и бревенчатый домик. В конце июня 2017 года ранчо Галэки было разрушено крупным лесным пожаром. Галэки заявил СМИ, что пожар «был настоящей угрозой для него, но это цена за проживание в таком красивом месте».