Родилась в Иркутске 8 июля 1983 года. Училась на международном факультете Иркутского государственного университета. Ещё во время учёбы в университете начала работать в местной телекомпании, прошла путь от внештатного корреспондента до главного продюсера.
В 2004 году совместно с режиссёром и продюсером Юрием Дорохиным основала собственную производственную студию «REC.production», занимающуюся созданием видеофильмов, аудио- и видеорекламы.
В 2008 году студия по инициативе Анны Матисон создала короткометражный фильм «Настроение улучшилось» по одноимённому произведению Евгения Гришковца. Анна Матисон на этом проекте выступала в роли режиссёра и сценариста. Гришковец заинтересовался фильмом и его создателями и предложил Анне Матисон сотрудничество, которое позже вылилось в создание полнометражного фильма «Сатисфакция», документального сериала «Без сценария», ряда музыкальных клипов, пьес «Дом» и «Уик-энд», аудио-спектакля «Реки».
В 2008 году Анна Матисон переехала в Москву и поступила на сценарный факультет ВГИКа, в мастерскую Натальи Рязанцевой, который окончила в 2013 году с красным дипломом.