Станислав Говорухин родился 29 марта 1936 года в городе Березники Свердловской области (с созданием в 1938 году Пермской области (ныне края), город вошёл в его состав). Родители: донской казак Сергей Георгиевич Говорухин и портниха Прасковья Афанасьевна Глазкова.
В 1958 году окончил геологический факультет Казанского государственного университета имени В. И. Ульянова-Ленина и около года работал геологом Средне-Волжского геологоразведочного управления. В 1959—1961 годах трудился редактором и ассистентом режиссёра на Казанской студии телевидения.
В 1966 году (по другим данным — в 1967 году) с отличием окончил режиссёрский факультет Всесоюзного государственного института кинематографии (ВГИКа) (мастерская Якова Сегеля). Дипломная работа — фильм «Тётя Катя».
После получения диплома и до 1987 года работал ассистентом режиссёра, режиссёром, кинорежиссёром-постановщиком художественной кинематографии высшей категории на «Одесской киностудии художественных фильмов».
С 1987 по 1993 годы — режиссёр киноконцерна «Мосфильм». Был членом Союза кинематографистов СССР.
В 1987 году стал инициатором, создателем и президентом советского международного фестиваля жанрового кино «Золотой Дюк», проводившегося в городе Одессе (Украинская ССР) в течение трёх лет (1988—1991).
С декабря 1991 года — член Конфедерации Союзов кинематографистов.
В октябре 1993 года вышел из состава Союза кинематографистов России.
Станислав Говорухин снял множество художественных, художественно-публицистических и публицистических фильмов и написал более двадцати сценариев к фильмам, а также несколько книг.
На его счету немало запоминающихся актёрских работ в кино: генерал Александр Павлович Кутепов в фильме «Маршал революции» (1978), Крымов в «Ассе» (1987), писатель Сергей Сергеевич Попов в «Сукиных детях» (1990), комдив в «Анкор, ещё анкор!» (1992), Зосима Петрович в фильме «Орёл и решка» (1995) и многие другие.
Большой общественный резонанс вызвали такие его документальные ленты, как «Так жить нельзя» (1990), «Россия, которую мы потеряли» (1992).
С 2001 по 2004 год был ведущим программы о кино «Великая иллюзия» на канале ТВЦ.
28 июня 2005 года подписал в числе пятидесяти других представителей обращение деятелей культуры, науки, представителей общественности в связи с приговором, вынесенным бывшим руководителям НК «ЮКОС», в котором осуждались попытки придать политический характер приговору суда по делу НК «ЮКОС».
8 декабря 2011 года возглавил предвыборный штаб Владимира Путина на президентских выборах 2012 года.
Депутат Государственной думы Федерального собрания Российской Федерации I—VII созывов. Представлять интересы граждан-избирателей в Государственной думе Федерального собрания Российской Федерации VI созыва от политической партии «Единая Россия» начал 21 декабря 2011 года. В Госдуме VI созыва был председателем Комитета Государственной думы по культуре.
18 сентября 2016 года избран депутатом Государственной думы Российской Федерации седьмого созыва по федеральному списку от партии «Единая Россия» (№ 2 в региональной группе № 35, город Москва) и также остался председателем комитета Госдумы по культуре.
Станислав Говорухин являлся почётным членом Российской академии художеств (РАХ). Более двадцати лет, с середины 1990-х годов, режиссёр увлекается живописью. Начинал он с карандашных набросков, сделанных на бесчисленных кино-заседаниях. Затем от рисунков перешёл к пейзажам, написанным маслом. Его любимый жанр — лирический пейзаж в традициях русской живописной школы. Персональные выставки его живописных работ состоялись в 1998 году в Доме кино, в 2006 году — в Музейно-выставочном комплексе Российской академии художеств «Галерея искусств Зураба Церетели» на Пречистенке, в феврале 2011 года — в Киеве. В 2001 году в зале РАХ прошла выставка живописи художника «Парламентские каникулы», в 2006 году — выставка, приуроченная к его семидесятилетию, в 2011 году — посвящённая семидесятипятилетнему юбилею художника.
Станислав Говорухин являлся художественным руководителем киностудии «Вертикаль» киноконцерна «Мосфильм». Эта киностудия издаёт с февраля 2016 года журнал «Военный» (тираж 80 тысяч экз.), который позиционирован как преемник «Военного журнала».
Возглавлял Благотворительный фонд социальной защиты ветеранов кинематографа и студентов киношколы «Киноцентр» (краткое наименование — Благотворительный фонд «Киноцентр»). Являлся членом Совета Международного русского клуба.
