Родился в городе Кальсада-де-Калатрава (провинция Сьюдад-Реаль, Кастилия-Ла-Манча) 24 сентября 1949 года, однако родители оформили его рождение лишь на следующий день, таким образом официально день рождения Педро Альмодовара — 25 сентября. В 8 лет переехал вместе с семьёй в Эстремадуру, где посещал сначала салезианскую, а потом францисканскую школы.
Родители надеялись, что сын станет священником, однако в 16 лет, один, без семьи и денег, Педро переехал в Мадрид, чтобы стать кинорежиссером. Но в то время Национальная Школа Кино в Мадриде была закрыта испанским диктатором Франциско Франко. Сменив множество мест работы, на 12 лет Педро осел в компании «Telefónica». В это же время он стал членом театральной группы «Los Goliardos». Играл маленькие роли в профессиональном театре, где познакомился с Кармен Маурой. Вместе с Фабио Макнамарой организует музыкальную группу в стиле пародийный панк-глэм-рок. Пишет рассказы, которые периодически публикуются в коллективных сборниках («Сон разума»).
