Родился в семье польских евреев, которая после 1939 года была депортирована в Сибирь. Его отец, врач по профессии, пошёл добровольцем в сформированную в СССР первую дивизию имени Костюшко Войска польского.
После войны Ежи Гофман вернулся в Польшу. Обучался в Быдгоще. В 1955 году окончил Всесоюзный государственный институт кинематографии СССР в Москве. В том же году дебютировал как режиссёр. Наиболее известен благодаря экранизациям романов Генрика Сенкевича. В четырёх фильмах исполнял роли (в трех из них играл самого себя), в двух был рассказчиком. Почётный гражданин Быдгоща с 2003 года.
В 1965 году Гофман женился на киевлянке Валентине Трахтенберг, с которой прожил в браке до самой её смерти в 1998. Именно ей посвящен фильм «Огнём и мечом».
Лауреат кинопремий нескольких международных конкурсов. Награждён призами польского Министерства культуры.
