Родился 10 сентября 1964 года в Омске. Мать — Тамара Георгиевна Летова (Мартемьянова) (24 мая 1935 года — 13 июля 1988 года), отец — Фёдор Дмитриевич Летов (31 марта 1926 года — 9 мая 2018 года) — военный, в 1990-х — секретарь райкома КПРФ в Омске, брат — музыкант, саксофонист, импровизатор Сергей Фёдорович Летов (24 сентября 1956 года).
25 мая 1982 года Егор Летов окончил 10-й класс школы № 45 Омска. После школы переехал к брату в Подмосковье (пос. Красково Люберецкого района) и поступил в московское строительное ПТУ, однако весной 1983 года был отчислен за прогулы и неуспеваемость и к 1984 году вернулся обратно в Омск. После отчисления некоторое время работал художником портретов Ленина для стендов наглядной агитации (Омский шинный завод, Омский моторостроительный завод им. Баранова), дворником и штукатуром на стройке.
