Джек Джонсон родился и вырос в Оаху (Гавайи). Сын известного серфингиста Джефа Джонсона, Джек с раннего возраста проявлял интерес к спорту. Начал заниматься серфингом в 5 лет. В 17 лет его пригласили для участия в финале в Billabong Pipeline Masters на северном берегу Оаху он был самым молодым участником в истории соревнования. Однако, спустя неделю, его карьера, как профессионального серфингиста, закончилась. В результате несчастного случая в , Джонсон получил более 150 швов на лбу и потерял несколько зубов, что позже вдохновило его на песню «Drink the Water».
Джек Джонсон учился в Kahuku High School, в Оаху. Позже он поступил в Калифорнийский университет в Санта-Барбаре и получил диплом в области продюсирования кинофильмов и музыки. Джонсон учился играть на гитаре (в 8 лет) и в 12 лет начал писать песни. Его страсть и любовь к музыке росла очень быстро, и одним из толчков явилась игра на ритм-гитаре в группе Soil (не путать с хеви-металл группой Soil) в колледже. На творчество Джонсона оказали влияние такие музыканты как Боб Дилан, Джими Хендрикс, Radiohead, Отис Реддинг, G. Love and Special Sauce, Ben Harper, Sublime, The Beatles, Боб Марли, Нил Янг и A Tribe Called Quest. Джонсон назвал Джими Хендрикса своим любимым гитаристом.