Родился в Москве. Отец — Павел Васильевич Худяков (1904—1949), заместитель начальника сектора Наркомата тяжёлой промышленности (1937), начальник отдела Наркомата чёрной металлургии (1938), в НКВД с 1939 года, работал заместителем начальника Главного управления лагерей железнодорожного строительства НКВД СССР, с 1945 года служил заместителем Игоря Курчатова по административно-хозяйственным вопросам в Лаборатории № 2. Мать тридцать лет заведовала отделением в глазной больнице.
В 1961 году окончил актёрский факультет ВГИКа, мастерскую Бориса Бибикова и Ольги Пыжовой, а в 1968 году — Высшие курсы сценаристов и режиссёров. С 1969 года ставил фильмы и телеспектакли на Центральном телевидении. В 1977 году дебютировал в полнометражном кино, с тех пор совмещал работу на телевидении и на киностудии «Мосфильм». Работал в творческом объединении «Товарищ».
В 1991—1993 годах руководил режиссёрской мастерской на Высших курсах сценаристов и режиссёров. С 1994 года преподавал режиссуру во ВГИКе.
В его фильмах снимались Леонид Филатов, Анатолий Ромашин, Алиса Фрейндлих, Лев Дуров, Александр Збруев, Евгений Миронов.
После распада СССР продолжил работу в кино и на телевидении. Сценарий фильма «Ленинградец» (2006) был написан ещё в советское время, но запустить его в производство удалось лишь в 2000-х годах.