Родился 23 октября 1942 года в Чикаго (штат Иллинойс), но вырос близ Нью-Йорка, в Рослине (на Лонг-Айленде). Отец Крайтона работал в журнале, мать — домохозяйка, в семье было ещё трое детей (две сестры и младший брат).
Учился в средней школе Рослина, где благодаря своему росту успешно играл в баскетбольной команде. Всегда планировал стать писателем, поэтому с 1960 года занимается в престижном Гарвардском университете в Кембридже (штат Массачусетс) на филологическом факультете. Однако его стиль постоянно вызывал нарекания у профессоров, и оценки его обычно были невысоки. Однажды в качестве своей работы он представил одно из эссе Джорджа Оруэлла. Профессор за этот «труд» поставил Крайтону три с плюсом, и после этого будущий писатель понял, что гарвардские мерки не для него.
В 1964 году, после окончания университета со средними оценками, он решает сменить область интересов и заняться антропологией в Кембридже (Великобритания). На этом поприще успехи превзошли все ожидания, за успехи в учёбе в 1965 году он был премирован годичной поездкой по Европе и северной Африке. Вернувшись в США, Крайтон вновь меняет область интересов. На этот раз он намеревается стать врачом, в Гарвардской медицинской школе в 1969 году защитил диссертацию по медицине, недолгое время проработал в институте биологических исследований Джонаса Солка в Ла-Холье (Сан-Диего, Калифорния),
По словам самого автора, в это время (1977 год) его рост был около 2 метров 6 сантиметров, поэтому его псевдонимами были Джон Ланге (John Lange) и Джеффри Хадсон (Jeffrey Hudson). Lange — немецкая фамилия, означающая «длинный», сэр Джеффри Хадсон — известный в XVII веке карлик. В книге «Путешествия» Крайтон вспоминает подслушанный разговор двух незнакомых врачей, которые обсуждали ошибки, допущенные в романе «Штамм Андромеда», в то время как он сохранял анонимность в медицинской школе. Был соавтором книги «Dealing» со своим младшим братом Дугласом, книга опубликована под общим псевдонимом Майкл Дуглас (Michael Douglas), на задней стороне обложки книги была помещена фотография Майкла и Дугласа в очень раннем возрасте, сделанная их матерью.
