Помимо кинематографа, Кончаловский с 1987 года много и плодотворно работает на театральных подмостках, а также как постановщик музыкальных и массовых театрализованных зрелищ. За четверть века режиссёр поставил: спектакль «Чайка» (1987) в парижском театре «Одеон», оперы «Евгений Онегин» (1985) и «Пиковая Дама» (1990) в миланском театре «Ла Скала» и парижской Бастилии, три версии оперы Сергея Прокофьева «Война и мир» (2000, 2002, 2009) на сцене Мариинского театра в Санкт-Петербурге и в «Метрополитен-опера» в Нью-Йорке, «Бал-маскарад» Верди на фестивале в Парме и в Мариинском театре, музыкальное шоу «Наша древняя столица» на Красной Площади в 1997 году в честь празднования 850-летия Москвы. В 2003 году к 300-летию Санкт-Петербурга Кончаловский устроил эффектное шоу на балюстраде Константиновского дворца.
Вдохновлённый традициями русской и европейской классики и следуя апробированным им в кинематографе приёмам адаптации классических произведений для современного зрителя, режиссёр в 2004 году поставил спектакль «Чайка» в театре имени Моссовета. В 2005 году срежиссировал «Мисс Жюли» в театре на Малой Бронной. В январе 2006 года в варшавском театре «На Воли» прошла премьера «Короля Лира» с Даниэлем Ольбрыхским в главной роли. В декабре 2009 года к 150-летию со дня рождения А. П. Чехова на сцене театра Моссовета состоялась премьера спектакля «Дядя Ваня», в 2012 году там же выпустил спектакль по другой чеховской пьесе — «Три сестры». В самом конце 2015 года состоялась премьера спектакля «Вишнёвый сад», таким образом завершив чеховскую трилогию, задуманную Андреем Сергеевичем.
