Марко Кройцпайнтнер родился 11 марта 1977 года в городе Розенхайме. Изучал историю искусств в Университете Зальцбурга (Universität Salzburg).
Начинал свою кинокарьеру с работы в рекламе и работой ассистентом у Петера Лилинталя (Peter Lilienthal) и Эдгара Рейца (Edgar Reitz). В 1999 году снимает свой первый короткометражный фильм, а в 2001 году его короткометражка («Der Atemkünstler») номинируется на немецкую премию «First Steps Award».
В 2003 году снимает свой первый полнометражный фильм «Целиком». Следующий фильм — «Летний шторм», снятый в 2004 году, приносит ему несколько наград и международную известность. В одном из интервью Кройцпайнтнер признался, что в «Летнем шторме» он практически описал историю своего камин-аута.
В 2007 году Кройцпайнтнер работает над проектом Роланда Эммериха — «Рабство». В 2008 экранизирует роман Отфрида Пройслера «Крабат, или Легенды старой мельницы».
