Макгиннесс родился в британском военном госпитале в городе Ринтельн, Германия, где его отец, Филипп Макгиннесс (уроженец Ливерпуля) служил в Королевских ВВС. Мать Макгиннесса, Шейла, в девичестве Лайн (Lyne), была школьной учительницей из графства Керри, Ирландия. В семье было трое детей: Пол, Найл и Кэти.
Макгиннесс получил начальное школьное образование в Ирландии в частной иезуитской школе-интернате Clongowes Wood College. Оттуда он поступил в Тринити-колледж при Дублинском университете, где он режиссировал пьесы и редактировал студенческий журнал T.C.D. Miscellany. Однако колледж так и не закончил.
