Юрий Ахтямович Шайгарданов родился 29 июля 1954 года в ПМС-38 между станциями Шакша и Уфа. В 1971 году окончил школу № 14 в Саранске. Работал ассистентом оператора и оператором на Мордовском кинокорреспондентском пункте от Казанской студии кинохроники. В 1983 году окончил операторский факультет ВГИКа (мастерская Вадима Юсова). Ещё во время учёбы работал сначала ассистентом оператора, а затем вторым оператором на киностудии «Мосфильм» на фильмах «Охота на лис», «Остановился поезд» (оператор Юрий Невский), «Плюмбум, или Опасная игра» (оператор Георгий Рерберг). С 1987 года — оператор-постановщик киностудии «Ленфильм». В первые же годы работы на «Ленфильме» Юрий Шайгарданов снял три фильма с классиком советского кино Иосифом Хейфицем и фильм Владимира Бортко «Собачье сердце». В 1993 году совместно с Ильей Дёминым, Сергеем Мачильским, Юрием Любшиным, Юрием Райским создал Ассоциацию российских кинооператоров (А. Р. К. О.).
Член Правления Союза кинематографистов России.
Член Российской Академии кинематографических искусств «Ника».
