Сын лесоторговца, учился коммерции, затем изучал историю литературы и искусства. Увлёкся психоанализом, тесно общался с Рихардом Штербой, учеником Фрейда.
В 1938—1939 годах как еврей был в течение 11 месяцев узником Дахау и Бухенвальда. Освобождён из концлагеря по амнистии, объявленной к дню рождения Гитлера. Осенью 1939 года переехал в США.
В октябре 1943 года в американском Журнале патологической и социальной психологии появилась ставшая тут же знаменитой статья Беттельгейма о повседневном существовании в нацистских лагерях — «Индивидуальное и массовое поведение в экстремальных ситуациях». В 1944—1973 годах — профессор психологии в Чикагском университете. В течение 30 лет возглавлял связанную с университетом Ортогеническую школу Сони Шенкман.
Последние годы жизни, овдовев, страдал от одиночества и депрессии. Покончил с собой. После его смерти в США возникла публичная дискуссия по некоторым спорным моментам его теории, а также деталям биографии и профессионального поведения.
