Том Уилкинсон родился в Лидсе (Уэст-Йоркшир) в семье городских фермеров. Экономические трудности заставили семью на некоторое время уехать в Канаду, когда Том был маленьким. После возвращения в Англию Том поступил и окончил Университет Кента в Кентербери, получив степень по английской и американской литературе. Также посещал Королевскую академию драматических искусств.
Женился на британской актрисе Диане Хардкасл (Diana Hardcastle) в 1988 году. В семье две дочери: Алиса (Alice, род. 1989) и Молли (Molly, род. 1992).