Фернанду Кардозу родился 18 июня 1931 года в Ботафого, одном из районов Рио-де-Жанейро, в семье потомственных военных; его отец принимал участие в восстании тенентистов. Изучал социологию в Университете Сан-Паулу, в 1952 году получил степень бакалавра общественных наук, позже — степень магистра и доктора социологии в том же университете. В 1953 году сочетался браком с Рут Корреа Лейти Кардозу (Ruth Corrêa Leite Cardoso; ум. 24 июня 2008).
В молодости увлекался неомарксизмом и экзистенциализмом. В 1960 году был переводчиком бразильского курса лекций Жана-Поля Сартра.
В годы военного режима, установившегося в 1964 году, некоторое время жил в Чили и во Франции. В 1968 году, будучи преподавателем в Университете Париж X — Нантер, активно участвовал в студенческом революционном движении. В том же году вернулся на родину.
Ф. Кардозу считается, наряду с П. Бараном и С. Фуртаду, классиком теории зависимого развития, утверждавшей возможность ограниченного самостоятельного развития периферийных экономик при сохранении приоритета национальных целей и задач над интересами международного капитала. Автор более 20 книг.